推動再生能源，運用永續能源，已成為當前追求永續發展之必要策略。截至目前為止，本院自行建置太陽能發電設備之總容量為1330.39 kW，其中南港院區建置378.23 kW，南部院區建置952.16 kW(477.6 kW+474.56 kW)，全年發電量約156.5萬度，減碳量約796公噸。
本院已統籌評估全院各所、中心、宿舍屋頂安裝太陽能板可行性，並採場地標租方式建置太陽能發電設備。於109年2月27日辦理公開招標作業，109年5月7日完成決標，設置容量約862.605 kW。分別於細胞與個體生物學研究所、農業科技大樓、物理研究所大樓(前、後棟)、分子生物研究所(前棟)、臨海研究站、近代史研究大樓(檔案館)、歷史語言研究所文物陳列館、人文社會科學館、資深學人宿舍A/B、福利社等12處建築物設置，已於112年7月完成，每年發電量約86.7萬度，減碳量約441公噸。後續本院亦將持續檢視建物空間辦理標租，增加綠能設施。